L'informatisation consiste en la saisie des informations contenues dans les planches d'herbier, notamment sur les étiquettes. La base de données développée à UniVegE est structurée selon les champs de la base "SONNERAT" du Muséum National d'Histoire naturelle. Début 2018, on compte environ 112 000 parts informatisées.

Les informations saisies concernent en priorité les herbiers "général", D'Alleizette, Chassagne, Lamotte, Billy pour les plantes vasculaires et l'herbier général de bryophytes. Les bryophytes et lichens de l'opération IBISCA sont informatisés ainsi que les Sphagnum qui constituent un ensemble à part au sein de l'herbier général. Les espèces végétales protégées ou menacées en France font l'objet d'une saisie informatique plus systématique et approfondie.

Ces données informatisées, sont transférées dans la base SONNERAT du MNHN, commune au réseau des herbiers de France (RHF) dont fait partie l'Université Clermont Auvergne et dans le réseau GBIF (Global Biodiversity Information Facility), système mondial d'information sur la biodiversité.